Sebelum menjadi Rais Aam PBNU periode 2022-2027, Kiai Miftachul Akhyar merupakan Rais Syuriyah PCNU Surabaya periode 2000 – 2005. Kemudian ia juga menjadi Rais Syuriyah PWNU Jawa Timur dua periode, yakni tahun 2007 – 2018.
Lantas pada tahun 2015 – 2020, ia merupakan Wakil Rais Aam PBNU. Hingga pada tahun 2018 – 2020, ia menjadi Pj Rais Aam PBNU menggantikan Kiai Maruf Amin. Hingga pada Muktamar PBNU ke XXXIV, ia didaulat menjadi Rais Aam hingga saat ini.
Selain di PBNU, ia juga pernah berkiprah di Majelis Ulama Indonesia (MUI). Bahkan juga pernah menjabat sebagai Ketua MUI Jawa Timur. Hingga akhirnya ia didapuk menjadi Ketua MUI periode 2020-2025. Namun pada tanggal 9 Maret 2022, ia lebih memilih untuk fokus menjadi Rais Aam PBNU dan memilih mundur dari posisinya sebagai Ketua Umum MUI. Posisi Kiai Miftachul Akhyar di MUI pun digantikan oleh KH Anwar Iskandar hingga sampai dengan saat ini.
