Adapun penghargaan pertama diraihnya pada November 2019, dimana ia meraih penghargaan sebagai Gubernur/Kepala Pemerintahan Provinsi Terbaik pada acara Kamar Dagang dan Industri (Kadin) Award 2019 yang digelar di Bali.
Kemudian dari almaternya, ia mendapatkan penghargaan sebagai Alumni Berprestasi Universitas Airlangga (Unair). Penghargaan ini diberikan karena Khofifah dinilai sebagai alumnus Unair yang memiliki segudang prestasi nasional hingga internasional.
Masih di bulan yang sama, Khofifah meraih dua penghargaan dari Kementerian Dalam Negeri. Penghargaan pertama diraih dalam kategori Pemprov Jatim sebagai Pembina Ormas Terbaik. Sedangkan penghargaan kedua diterima Khofifah selaku Ketua Umum PP Muslimat NU untuk kategori Penghargaan Khusus Bakti Sepanjang Masa atau Long Life Achievement untuk Muslimat NU.
Pada Desember 2019, ia kembali meraih penghargaan sebagai Pemimpin Perubahan dari Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Publik. Khofifah dinilai memiliki komitmen besar dalam melakukan perubahan untuk menjaga tata kelola pemerintahan yang bersih, baik dan transparan.
Di masa pendemi Covid-19, Khofifah meraih dua penghargaan sekaligus dari Museum Rekor-Dunia Indonesia (MURI). Dua penghargaan itu diberikan untuk Nuzulul Quran 1441 H secara daring pertama di dunia dan Khotmil Quran Kubro secara daring terbanyak di dunia.
Dia dinilai sukses menyelenggarakan acara itu di tengah situasi pandemi Covid-19. Penghargaan lainnya dia terima dari Persatuan Wartawan Indonesia Jatim yakni PWI Special Award berkat kepedulian dan kedekatannya dengan insan media.
Pada tahun 2022, Khofifah meraih penghargaan melalui inovasi Ekonomi Berbasis Pesantren (Ekotren) dalam ajang Top Inovasi Pelayanan Publik Terpuji yang diselenggarakan oleh Kemenpan-RB.
Keberhasilan Ekotren yang menjadi bagian inovasi dari Dinas Koperasi, Usaha Kecil, Mikro dan Menengah Jawa Timur ini bahkan telah direplikasi di delapan kabupaten atau kota di Jatim, di antaranya Kota Madiun, Kabupaten Probolinggo, Mojokerto, Kabupaten Lamongan, Kabupaten Magetan, Kabupaten Jombang, Kabupaten Gresik, dan Kabupaten Blitar.
