Prabowo selaku presiden dalam beberapa kesempatan juga kerap menyoroti pentingnya efisiensi dalam penggunaan anggaran negara. Ia meminta seluruh menteri untuk meninjau kembali alokasi APBN dan mengurangi kegiatan yang bersifat seremonial atau perjalanan luar negeri yang tidak esensial.
Ia pun beberapa kali menegaskan pentingnya reformasi birokrasi untuk memberikan pelayanan yang terbaik kepada rakyat. Ia meminta para menteri tidak ragu-ragu mengganti pejabat yang tidak patuh atau bekerja dengan baik.
“Begitu banyak orang yang mau mengabdi, tidak ada orang di sini yang kebal, yang tidak patuh, tidak bekerja keras untuk bangsa dan negara dan rakyat, saudara saya beri wewenang copot segera,” tutur Prabowo pada sidang kabinet perdana beberapa waktu lalu.