Di Lanud Iswahjudi, para fighter dididik di tiga Skadron Udara (Skadud) di bawah komando Wing 3 yang merupakan satuan pelaksana pembina teknis dalam rangka kesiapan operasi awak pesawat. Terdapat tiga Skadud di Lanud Iswahjudi yaitu Skadud 3, Skadud 14, dan Skadud 15.
Unsur yang tidak kalah pentingnya adalah Skatek (Skadron Teknik) 042. Secara khusus, keberhasilan pendidikan, latihan, hingga operasi perang udara yang mampu mencetak fighter andal tidak terlepas dari satuan-satuan lain yang menopang kegiatan di sana.
Satuan lain tersebut terdiri dari Dinas Operasi, Dinas Logistik, Intelijen, Sentral Komunikasi, Dinas Personel, Satuan Polisi Militer, Pembinaan Potensi Dirgantara (Binpotdirga) dan RSAU dr Efram Harsana. Sedangkan secara umum, Lanud Iswahjudi juga dibantu satuan Insub dalam menjalankan tugas.
Satuan itu antaranya Batalyon Komando 463 Paskhas yang bertugas melaksanakan pengawasan dan pertahanan Alutsista, Pengendalian Udara Depan (Daludpan), Pengendalian Pangkalan Udara Depan (Dallanudpan), dan Search and Rescue (SAR Tempur).
Depo Pemeliharaan (Depohar) 20 yang bertugas melaksanakan pemeliharaan tingkat berat peralatan avionik, elektronika khusus pesawat terbang, dan sistem elektronika persenjataan udara.
Depo Pemeliharaan 60 yang bertugas melaksanakan pemeliharaan tingkat berat dan penyimpanan amunisi udara. Depo Pemeliharaan 80 yang bertugas melaksanakan pemeliharaan tingkat berat engine pesawat tempur.
Sekolah Bahasa (Sesa) yang bertugas melaksanakan pendidikan bahasa Inggris dan asing lainnya, serta meningkatkan kemampuan berbahasa Inggris maupun bahasa asing lainnya bagi anggota TNI AU. Dan yang terakhir adalah Pazam (Pabrik Zat Asam)/732.
