Di masa kemerdekaan Republik Indonesia, lanud ini sempat diberi nama Bengkel Oedara (BKO) Tentara Keamanan Rakyat (TKR). Sesuai dengan namanya, pangkalan ini hanya digunakan sebagai tempat penyimpanan mesin dan pemeliharaan pesawat.
Pengelolaan BKO TKR kemudian resmi berakhir pada 5 Mei 1946 dan pangkalan udara ini diserahkan kepada Angkatan Udara Republik Indonesia (AURI) yang berdiri pada 9 April 1946. Sejak saat itu, BKO TKR disebut sebagai Pangkalan Udara Nasional yang dikomandani oleh Opsir I Prof. Dr Abdulrachman Saleh yang juga merangkap sebagai Komandan Pangkalan Udara Bugis (Malang).
Kemudian, bertepatan dengan Hari Pahlawan ke-15 pada 10 November 1960, pemerintah Indonesia mengabadikan nama Marsma TNI Anumerta Iswahjudi dan mengganti nama Lanud Maospati menjadi Pangkalan TNI AU Iswahjudi. Hal tersebut ditetapkan berdasarkan Keputusan Menteri/Panglima Angkatan Udara No.546 tanggal 4 November 1960.
