Pada Muktamar Muhammadiyah ke-47 tahun 2015, Mu’ti ditunjuk sebagai Sekretaris Umum Pimpinan Pusat Muhammadiyah untuk periode 2015-2020 ditambah 2020-2022, jabatan itu kembali diamanahkan kepada Mu’ti pada Muktamar ke-48 di Surakarta untuk periode kepemimpinan 2022-2027.
Perjalanan Karir
Disamping aktif di Muhammadiyah, Mu’ti juga menjadi Direktur Eksekutif Centre for Dialog and Cooperation among Civilisation (CDCC) dan menjadi penasehat The British Council, Inggris. Abdul Mu’ti tercatat sebagai orang Asia pertama yang menjabat sebagai Direktur di CDCC.
Selain itu, Abdul Mu’ti juga pernah menjadi Wakil Sekretaris Jenderal Dewan Pimpinan Pusat Ikatan Cendekiawan Muslim Indonesia (ICMI) periode 2005-2010. Pernah juga menjadi anggota Forum Kerukunan Umat Beragama (FKUB) Pusat, dan Wakil Sekretaris tim Penanggulangan Terorisme.
Tahun 2007 Mu’ti bersama para tokoh agama di Indonesia menjadi delegasi pemerintah Indonesia untuk kampanye perdamaian di Amerika Serikat. Tahun itu juga, Ia menjadi salah satu anggota Indonesia-United Kingdom Islamic Advisory Group (IUIAG) yang dibentuk oleh pemerintah Indonesia dan Inggris.
Mu’ti adalah alumni pertama program Indonesia-Australia Young Muslim Leaders Exchange Program yang pertama kali dirintis tahun 2002. Tahun 2005, Ia mengikuti International Visitor Leadership Program di Amerika Serikat. Sebagai penghargaan atas prestasinya di dalam kegiatan internasional dan persahabatan antar bangsa, tahun 2008.
Abdul Mu’ti juga mendapat penghargaan Australian Alumni Award kategori Inspiration Award. Pemikiran-pemikiran Abdul Mu’ti termuat dalam buku-buku yang telah diterbitkan antara lain:
Deformalisasi Islam: Moderasi Beragama di Tengah Pluralitas (2004); Kristen Muhammadiyah: Konvergensi Muslim dan Kristen Dalam Pendidikan (2009); Inkulturasi Islam: Menyemai Keadilan, Persaudaraan dan Emansipasi Kemanusiaan (2009); Islam in Indonesia: A to Z Basic Reference (Editor bersama Umar Hadi, 2009); Inkulturasi Islam: Menyemai Persaudaraan, Keadilan, dan Emansipasi Kemanusiaan (2009).
Abdul Mu’ti juga dikukuhkan sebagai Guru Besar Bidang Pendidikan Agama Islam di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Pengukuhan tersebut dilaksanakan pada 2 September 2020.