Sejak perencanaan sampai tahun 1965 tidak terlihat perubahan yang signifikan, karena dalam prosesnya terdapat banyak hambatan yang tidak mudah untuk dihadapi. Hambatan-hambatan tersebut berkaitan dengan kondisi politik Indonesia saat itu.
Kalai itu, partai-partai politik di Indonesia saling memperebutkan kekuasaan masing-masing hingga puncaknya terjadi pada tahun 1965 yang bertepatan dengan peristiwa G30S PKI. Karena peristiwa itu, pembangunan masjid terhenti total.
Hingga pada tahun 1966, pembangunan Masjid Istiqlal kembali dilanjutkan oleh pemerintah yang dipimpin oleh KH. Muhammad Dahlan sebagai Menteri Agama dan koordinator Panitia Nasional Pembangunan Masjid Istiqlal KH. Idham Chalid.
Adapun sampai dengan selesai, pembangunan masjid yang menjadi ikon Indonesia ini telah memakan biaya hingga Rp. 7.000.000.000 (tujuh milyar rupiah) yang diambil dari dana APBN.
Hingga saatnya, pembangunan Masjid Istiqlal selesai pada tanggal 22 Februari tahun 1978 setelah 17 tahun lamanya. Pada tanggal tersebut, juga ditetapkan sebagai Hari Istiqlal yang diperingati setiap tahunnya hingga saat ini.