Sejak perencanaan sampai tahun 1965 tidak terlihat perubahan yang signifikan. Hal ini berkaitan dengan kondisi politik Indonesia saat itu. Partai-partai politik di Indonesia saling memperebutkan kekuasaan masing-masing hingga puncaknya terjadi pada tahun 1965 yang bertepatan dengan peristiwa G30S PKI. Pembangunan masjid terhenti total saat itu.
Pada tahun 1966 pembangunan Masjid Istiqlal dilanjutkan kembali yang dipimpin oleh KH. Muhammad Dahlan sebagai Menteri Agama dan koordinator Panitia Nasional Pembangunan Masjid Istiqlal KH. Idham Chalid.
Pembangunan masjid memakan hingga Rp. 7.000.000.000 (tujuh milyar rupiah) dari dana APBN dan 12.000.000 USD. Pembangunan Masjid Istiqlal akhirnya selesai pada tanggal 22 Februari tahun 1978 setelah 17 tahun lamanya. Pada tanggal tersebut, juga ditetapkan sebagai Hari Isriqlal.
