Pada tanggal 25 Januari 1946 TKR Laut berubah menjadi Tentara Republik Indonesia Laut (TRI Laut). Demikian pada pada tanggal 19 Juli 1946 TRI Laut kemudian dirubah menjadi Angkatan Laut Republik Indonesia (ALRI) yang disyahkan bertepatan dengan pelaksanaan Konferensi ALRI di Lawang, Malang.
Barulah setelah kualitas unsur armada semakin canggih dan modern serta dan kuantitasnya semakin besar, dibentuklah sebuah Komando Armada.
Pembentukan tersebut berdasarkan SK KSAL No. A. 4/2/10 tanggal 14 September 1959 yang mensahkan berdirinya organisasi Komando Armada ALR pada tanggal 5 Desember 1959 oleh KSAL Komodor Laut R.E. Martadinata. Pada tanggal ini selanjutnya tiap tahun diperingati sebagai “Hari Armada”.
Permasalahan yang semakin komplek di lautan pun kemudian menjadi alasan para pemimpin kala itu untuk membagi dua Armada. Selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Panglima ABRI Nomor : Kep.171/II/1985 tanggal 30 Maret 1985, Armada RI resmi di bagi menjadi dua kawasan wilayah kerja, yaitu Armada RI Kawasan Timur dan Armada RI Kawasan Barat.
Pembagian wilayah kerja tersebut, juga secara bertahap melaksanakan Dispersi kekuatan Alut Sista yang semula seluruhnya berada di Armada Timur, sebagian di Dispersi ke Armada Barat, guna menyikapi perkembangan jaman dan tuntutan tugas semua wilayah kerja.