Untuk mengintegrasikan penggunaan operasional semua sensor dan sistem senjata tersebut di atas, KRI Bung Tomo Class dibekali oleh sistem komando dan kendali Nautis II buatan BAE Systems Insyte.
Menurut naval-technology.com, Nautis II memiliki konsol multifungsi untuk menghadapi ancaman udara, permukaan dan kapal selam.
Data yang diperoleh dari sistem sensor dan persenjataan kapal akan disajikan sedemikian rupa sehingga Perwira Peperangan Utama (Principal Warfare Officer) di kapal tersebut akan memiliki kesadaran tinggi terhadap situasi operasional di sekelilingnya, termasuk juga situasi navigasi, sasaran ancaman dan alokasi senjata serta fungsi kendali senjata yang dimiliki.
Fregat ringan ini juga memiliki kemampuan melaksanakan penegakkan hukum di laut sebagai bagian dari fungsi keamanan maritim serta anti perompakan.
Hal ini dikarenakan kapal ini dilengkapi dengan dua buah sekoci berlambung keras (Rigid Hull Inflatable Boat) atau lebih dikenal dengan istilah RHIB. Selain itu, kapal ini juga didesain untuk mengangkut 24 personel tambahan selain 79 personel intinya.
Dengan demikian fregat ringan ini akan dapat melaksanakan peperangan operasi khusus aspek laut termasuk anti perompakan dengan membawa dua hingga tiga tim pasukan Komando Pasukan Katak (Kopaska) atau Detasemen Jala Mangkara (Denjaka) jika diperlukan.
