Pada 16 Januari 2020, Menkumham saat itu yang juga politikus PDIP, Yasonna H Laoly menyatakan Harun belum kembali ke Indonesia. Padahal, pemberitaan media nasional menyatakan Harun telah kembali ke Indonesia pada 7 Januari 2020 yang dilengkapi dengan rekaman CCTV di Bandara Soekarno-Hatta. Setelah ramai pemberitaan mengenai kembalinya Harun ke Indonesia, belakangan Imigrasi meralat informasi dan menyatakan Harun telah kembali ke Indonesia.
Sejak 29 Januari 2020, KPK menetapkan Harun Masiku sebagai buronan atau masuk dalam daftar pencarian orang. Lalu dalam pengembangan kasus ini, KPK menjerat Hasto sebagai tersangka.
KPK telah menetapkan Hasto Kristiyanto sebagai tersangka dalam dua perkara. Pertama, terkait dugaan suap PAW anggota DPR RI terhadap Komisioner KPU Wahyu Setiawan.
Dalam kasus itu, Hasto diduga menjadi pihak yang turut menyokong dana suap kepada Wahyu Setiawan. Ia dijerat sebagai tersangka bersama Donny Tri Istiqomah selaku orang kepercayaannya. Diduga Suap tersebut dilakukan agar Harun ditetapkan sebagai anggota DPR melalui proses PAW. Suap itu dilakukan oleh Hasto bersama Donny Tri, Harun Masiku, dan Saeful Bahri.
Dalam perkara kedua, Hasto dijerat sebagai tersangka karena diduga merintangi penyidikan atau obstruction of justice (OOJ) kasus suap PAW anggota DPR RI yang menjerat Harun Masiku.
Dalam konstruksi perkara dugaa OOJ itu, Hasto diduga mengarahkan para saksi itu agar tidak memberikan keterangan yang sebenarnya. Selain itu diduga Hasto juga memerintahkan Harun Masiku supaya merendam handphone dalam air dan segera melarikan diri.
Lalu, pada 6 Juni 2024, atau 4 hari sebelum Hasto diperiksa sebagai saksi terkait Harun Masiku, ia juga memerintahkan stafnya yang bernama Kusnadi untuk menenggelamkan HP milik Kusnadi agar tidak ditemukan oleh KPK.
Oleh KPK Hasto dijerat dengan Pasal 5 Ayat 1 huruf a atau Pasal 5 Ayat 1 huruf b dan Pasal 21 atau Pasal 13 UU Tipikor Juncto Pasal 55 Ayat 1 ke-1 KUHP. Hingga saat ini Hasto belum ditahan KPK.
Hingga saat ini Hasto dan Donny belum ditahan tapi sudah dicegah ke luar negeri untuk enam bulan. Tak hanya Hasto dan Donny, KPK juga meminta Imigrasi mencegah mantan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia (Menkumham) Yasonna H Laoly ke luar negeri.