7. Peristiwa Trisakti dan Semanggi 1 dan 2, 1998 dan 1999
Peristiwa ini menjadi peristiwa kelam bagi para akademisi. Pasalnya, sebanyak empat mahasiswa Universitas Trisakti tewas ditembak aparat ketika berdemonstrasi pada 12 Mei 1998.
Kasus penembakan terhadap empat mahasiswa itu terjadi menjelang dan sesudah turunnya Soeharto dari kursi Presiden RI.
8. Peristiwa Pembunuhan Dukun Santet tahun 1998-1999
Peristiwa pembunuhan dukun santet adalah sebuah peristiwa berdarah dalam sejarah Indonesia. Peristiwa ini diketahui terjadi di Banyuwangi, Jawa Timur, pada tahun 1998 silam.
Menurut data dari pihak kepolisian Jawa Timur, jumlah korban tewas sebanyak 85 orang, 3 orang luka berat, dan 7 luka ringan.
9. Peristiwa Simpang KKA di Aceh tahun 1999
Peristiwa pelanggaran HAM berat ini merupakan kasus penembakan yang terjadi di simpang PT Kertas Kraft Aceh (KKA), Kecamatan Dewantara, Aceh Utara, pada tahun 1999 silam.
Berdasarkan penyelidikan Komnas HAM, peristiwa ini menewaskan 46 orang, 156 orang mengalami luka tembak dan 10 orang hilang.
10. Peristiwa Wasior di Papua 2001-2002
Peristiwa ini merupakan kejadian pelanggaran HAM berat terhadap warga sipil yang tinggal di Desa Wondiboi, Wasior, Manokwari, Papua.
Dalam peristiwa ini, sebanyak empat orang tewas, satu orang mengalami kekerasan seksual, lima orang hilang dan 39 orang disiksa.
11. Peristiwa Wamena, di Papua 2003
Peristiwa Wamena tidak terlepas dari peristiwa diskriminasi ras dan etnis yang terjadi di asrama mahasiswa Papua di Surabaya.
Menurut Komnas HAM, peristiwa ini dipicu adanya komunikasi verbal seorang Guru di SMA PGRI yang dituduhkan bertendensi negatif dan didasarkan pada rasa kebencian terhadap ras dan etnis Papua.
Tragedi ini telah mengakibatan jatuhnya korban jiwa sebanyak 33 orang dan 53 orang mengalami luka.
12.Peristiwa Jambo Keupok di Aceh tahun 2003
Peristiwa Jambo Keupok adalah peristiwa pelanggaran HAM berat yang terjadi di Jambo Keupok, Aceh Selatan, pada tanggal 17 Mei 2003 lalu.
Peristiwa Jambo Keupok ini menyebabkan sebanyak 16 orang penduduk sipil mengalami penyiksaan, penembakan, pembunuhan, dan pembakaran.
Tak hanya itu, lima orang lainnya juga mengalami kekerasan oleh para anggota TNI, Para Komando (Parako), dan Satuan Gabungan Intelijen (SGI).