Subagyo HS juga pernah diangkat Presiden Jokowi menjadi anggota Watimpres. Kiprahnya di dunia politik sangat cemerlang.
Pada kesempatan itu, HS Subagyo mengaku senang bisa berjumpa dengan mantan anak buahnya, Prabowo Subianto yang saat ini menjabat Menteri Pertahanan.