T-90MS juga dilengkapi dengan sistem rudal berpemandu untuk menghancurkan target-target lapis baja yang dilengkapi dengan explosive reactive armour (ERA) hingga jarak 5 km.
Untuk meningkatkan perlindungan, T-90MS dilengkapi dengan lapis baja reaktif modular modern (Relikt) di bagian depan hull (body) dan turret yang dirancang untuk menggantikan baja reaktif Kontakt-5 yang digunakan pada T-90 sebelumnya dan akan membantu tank menahan serangan dari semua senjata anti-tank yang ada saat ini.
Turret pada T-90MS telah mengalami upgrade untuk survivabilitas dengan menambahkan bustel turret. Mesin tempur ini memiliki lapis baja komposit baru dan juga ERA (Explosive Reacktive Armor), dilengkapi dengan sistem penangkal Shtora-1 yang secara signifikan dapat mengurangi kemungkinan dilumpuhkan oleh senjata kendali semi otomatis tank musuh.
Tank ini juga dilengkapi dengan sistem perlindungan kru untuk beroperasi di medan perang atau lingkungan yang mengandung serangan nuclear, biological and chemical (NBC), memiliki sistem pemadam api otomatis, dan interiornya dilapisi dengan liner spall.
Persenjataan sekunder terdiri dari senapan koaksial 7,62 mm dengan stasiun kendali senjata jarak jauh (remotely control). Terdapat dua pucuk senjata kaliber 7,62 mm yang terletak pada bagian lain. T-90 MS memiliki sistem pengintaian dan perangkat pembidik yang telah diperbaharui.
Tank ini juga memiliki kemampuan memburu dan membunuh (melumpuhkan) dengan melacak target yang dipilih secara otomatis. Hal ini dapat diklaim bahwa T-90 MS lebih akurat daripada pendahulunya. Menurut beberapa sumber, harga MBT varian tertinggi ini sekitar USD2,8 juta.
Kelebihan utama yang melekat pada T-90 MS antara lain Pisau Dozer di depannya lebih rendah dan tipis, sistim penangkal Sthora-1 telah dikembangkan, dilengkapi senjata terbaru Meriam Smothbore berjari-jari 125 milimeter yang lebih akurat. Selain itu mampu menembakkan peluru kendali anti tank dan helikopter pada ketinggian 4,5 km, mampu melewati rintangan air kedalaman 5 meter.
Tank T-90MS juga memiliki turret baru yang mampu menyimpan amunisi lebih banyak yakni 40 butir peluru meriam dan tersedia senjata mesin 7,62 mm menggunakan remot kontrol di bagian turret. Daya jelajah dan kecepatannya juga lebih jauh dan lebih tinggi daripada pendahulunya.
