Selanjutnya pada 23 April 1946 Iswahjudi melakukan terbang cross country dari Maguwo–Jakarta–Gorda–Teluk Betung–Branti bersama penerbang lainnya dengan pesawat Cukiu. Pada 10 Juli 1946 bersama Adisutjipto, Abdulrachman Saleh, Husein Sastranegara, dan Imam Suwongso Wirjosaputro, Iswahjudi melakukan terbang formasi lima pesawat Cureng dari Maguwo ke Tasikmalaya.
Iswahjudi kemudian ditunjuk sebagai Komandan Lanud Maospati, Madiun pada 1947 karena dedikasi-nya yang tinggi. Selanjutnya, pada akhir tahun 1947 Iswahjudi ditunjuk untuk merintis pembangunan Lanud Bukittinggi.
Setelah itu Iswahjudi mendapat tugas bersama Halim Perdanakusuma mengambil sebuah pesawat Avro Anson VH-BBY yang baru dibeli oleh pemerintah Indonesia.
Namun, dalam perjalanan pulang pada 14 Desember 1947, mereka dihadang cuaca buruk di Selat Malaka. Pesawat yang mereka awaki menghantam puncak pepohonan di Tanjung Hantu, Perak, Malaysia. Keduanya gugur dalam tugas tersebut.
